
Chris Redfield, ex-S.T.A.R.S. e sobrevivente do incidente da mansão, segue na luta contra o legado negro da antiga Umbrella Corporation, vivendo agora com um grande sentimento de culpa pela morte de sua antiga parceira e amiga, Jill Valentine, que foi dada como morta em missão. Após um longo período lutando incansávelmente contra incidentes biológicos, ao lado da atual empresa a qual serve, conhecida como Bioterrorism Security Assesment Alliance(BSAA), que age contra o bioterrorismo.
Em 2008, Chris é enviado a Kijuju, pequena cidade situada na África com a missão de capturar um vendedor de armas biológicas de guerra através do mercado negro, seu nome é Ricardo Irving. Logo no início da aventura, Chris aparenta estar cansado de tanto lutar, e sempre se perguntando se vale mesmo a pena o esforço. Ao chegar em Kijuju, Chris logo conhece sua nova parceira de missão: Sheva Alomar, membro da BSAA na África e grande combatente em campo. Os dois logo se tornam amigos, a ponto de Chris se lembrar do que holve com Jill, e temendo que aconteça algo parecido com Sheva. Mesmo assim, Chris segue sua caçada, e andentra os portões de Kijuju, logo sendo notado pelos estranhos moradores. Eles encontram Reynard Fisher, um infiltrado da BSAA. Ambos recebem as armas e seguem em frente. Quando notam um morador sendo arrastado para uma casa por dois homens. Os homens escapam deixando a vítima para trás. Chris então tenta socorrer o pobre homem, mas ele estranhamente ataca o herói. A dupla é obrigada a executá-lo. Seguindo em frente, uma macabra cena acontece: Fisher é pego pelos moradores e levado para um palanque na praça, sendo decaptado por um enorme homem mascarado. Quando são avistados, Chris e Sheva agora tinham de lutar contra todos os habitantes enfurecidos, que avançaram contra eles. Com o ataque do apoio aéreo, todos os moradores desaparecem.
Chris então se lembra do relatório de Leon S. Kennedy, que relatou um acontecimento semelhante, relantando que durante uma missão de resgate em um vilarejo da Europa, os moradores também o atacaram, sendo tudo obra de um parasita conhecido como La Plaga, que altera o hospedeiro, deixando-o completamete hostil.
Mais tarde, durante um outro ataque de moradores, Chris e Sheva recebem o apoio da equipe Delta da BSAA, liderada por Josh Stone, um amigo de Sheva. Chris então obtem informações sobre Irving, além de uma importante imagem. Consistia em uma mulher muito parecida com Jill, que despertou a curiosidade de Chris. Eles então encontram Irving, que logo depois foi resgatado por uma figura encapuzada e bastante agil, dificultando a missão. Até que mais um obstáculo surge, uma criatura voadora gigante que seria uma mistura de morcego com aranha. Depois de uma longa luta, o monstro Popokarim é abatido, e a dupla continua a missão em uma grande perseguição, sendo apenas um veículo da BSAA com Chris, Sheva e um soldado contra caminhões e motos guiados pelos habitantes enfurecidos. A perseguição termina ao anoitecer, mas seria o início para outro embate, agora a dulpa teria que enfrentar um ser gigante e destruidor. O monstro seria similar ao enfrentado por Leon. Quando a aberração é destruida, Chris decide deixar a missão de lado e ir a procura de Jill, além de optar por seguir sozinho para não arriscar Sheva. Mas a moça se recusa e afirma que os dois só irão se separar no fim.
Um tempo depois, após passarem por uma refinaria de óleo onde estaria Irving e após a fuga do mesmo, o pequeno barco de Chris, Sheva e Josh colide com o grande navio de Irving, e a dupla sobe até a embarcação inimiga para finalmente capturarem Irving. Porém, o vilão agora decide parar de fugir e enfrenta-los, injetando em si mesmo um vírus estranho, que lhe transformou em um mosntro gigantesco. Mesmo assim, não foi páreo para a dupla, que o derrotou Irving e o interrogaram sobre a garota da foto que seria Jill. Ele fala sobre Excella Gionne, presidente da Tricell Farceutica. E também fala sobre uma base além de uma mina subterrânea.
Ambos então partem para o destino, mas não encontram Jill, apenas Excella em uma grande sala, acompanhada de Albert Wesker, o rival de Chris. Depois de uma conversa entre os dois, a misteriosa figura encapuzada reaparece, agora lutando contra Chris e Sheva. Quando um intervalo acorre, Wesker retira o capuz da figura, que na verdade era a própria Jill Valentine, agora sobre o domínio de Wesker. Chris e Sheva consegue retirar o P4 do tórax de Jill e fazê-la retornar ao normal. Jill manda Chris ir atrás de Wesker para detê-lo antes de liberar um poderoso vírus, contagiando todo o mundo.
Quando Excella é localizada, a pobre moça traida é infectada pelo Uroboros, o mesmo organismo que Wesker iria soltar na armosfera, transformando a moça em um monstro, sendo destruida mais tarde. Wesker também é visto, e uma luta acontece. Agora, Wesker teria um ponto fraco indicado por Jill: o mesmo vírus que ele usava em seu corpo que, se usado em excesso, faria mal a Wesker. A dupla consegue injetar em Wesker tal experimento, e o vilão foge para um jato e tentar libertar o Uroboros imediatamente. A dupla o alcança, e tentam acabar com os planos de Wesker, derrubando o avião que cai em um vulcão ativo. Na luta final, Wesker se enfureçe e se infecta com o Uroboros. Chris e Sheva são separados durante a luta, e ao ver Sheva em perigo, Chris chega a empurrar uma grande rocha para chegar até Sheva. Wesker é derrotado na luta, sendo destruido por dois tiros de lança foguetes de Chris e Sheva, que foram resgatados por um helicóptero, com Jill e Josh dentro. Ao ver a missão bem sucedida e ainda saber que Jill e Sheva estão vivas, Chris então finalmente obtem sua resposta, sim, vale a pena lutar...
Chris Redfield
O ex-membro dos S.T.A.R.S. foi um dos fundadores da B.S.A.A, e é um de seus integrantes mais brilhantes. Ainda atormentado com a morte de sua parceira Jill Valentine, ele é enviado a Kijuju para capturar Ricardo Irving, que está envolvido em vendas de armas biológicas. Na África, porém, ele irá descobrir verdades sobre eventos passados e, mais uma vez, confrontar Albert Wesker, seu pior inimigo.
Sheva Alomar
Sheva perdeu os pais devido a um acidente com armas biológicas. Revoltada, ela se juntou a milícias até que encontrou seu lugar na B.S.A.A., onde foi treinada por Josh Stone. Por conhecer Kijuju, foi designada como guia de Chris Redfield, e conta com sua agilidade e habilidade para auxiliá-lo em sua missão de capturar Ricardo Irving.
Albert Wesker
O ex-capitão e traidor dos S.T.A.R.S. está envolvido nos principais incidentes envolvendo B.O.W.s, o grande inimigo de Chris Redfield se alia a Excella Gione e utiliza dos recursos da Tricell Inc. para levar a cabo seu grande plano: impor uma nova ordem mundial. Frio e cada vez mais poderoso, Wesker se considera um deus e acredita que salvar o planeta é sua responsabilidade.
Excella Gionne
Oriunda de uma nobre família européia, Excella é especialista em engenharia genética. Ela se utilizou das informações cedidas por Albert Wesker para chegar ao posto de presidente da sucursal africana da Tricell Inc., continuando assim suas pesquisas interrompidas com o fim da Umbrella Corp. É uma das responsáveis pelo incidente na Zona Autônoma de Kijuju.
Ozwell E. Spencer
Único fundador da Umbrella ainda vivo, Spencer se tornou recluso em um castelo após a queda da Umbrella. O fugitivo é localizado pela B.S.A.A. e por Albert Wesker, que possui negócios não pendentes com ele. Por outro lado, o velho também conhece antigos segredos sobre a origem e identidade do vilão, e a captura do foragido se torna um momento decisivo tanto para Wesker quanto para Chris.
Mulher Mascarada
Esta misteriosa agente aparentemente trabalha para a Tricell Inc. e, em sua primeira aparição, frustra a captura de Ricardo Irving. Com movimentos rápidos e agilidade sobre-humana, esta misteriosa figura se relaciona ao passado de Chris Redfield e da própria B.S.A.A. No decorrer do jogo é revelado que ela é Jill Valentine, sendo controlada por um implante colocado na mesma por Wesker.
Ricardo Irving
Suspeito de terrorismo e contrabandista de armas, Ricardo Irving é uma das peças principais do incidente em Kijuju. Gerente da refinaria de petróleo da Tricell Inc., Irving é um homem sarcástico, mentalmente instável e ressente não ser respeitado da maneira que gostaria.
Josh Stone
Líder do Time Delta da B.S.A.A., foi o mentor de Sheva Alomar e a enxerga como uma irmã caçula. Pertencente ao "braço" Oeste Africano da organização, Josh oferece suporte aos protagonistas em diversos momentos da missão.
Alysson
Garota que estava em Kijuju quando os moradores se tornaram assassinos frios.



